起動時にシステムフォルダアイコンと？アイコンが交互に点滅する。

起動ディスクがちゃんと指定されていないのが原因です。コントロールパネルの起動ディスクを開いて、Macintosh HDをクリックして選択し、反転して閉じればOKです。いつまでたっても起動しない場合はCDから起動して、システムの再インストールが必要な場合もあります。原因は、Firmwareアップデートなどを行ったときにPRAM (起動ディスクや、日付けなどの情報を記憶しているところ)がクリアされてしまうためです。ですからもう一度設定すれば自動的にPRAMに記憶されますので、次回からは普通に起動できるようになります。
アップルのiMac: 起動時に点滅するクエスチョンマークが表示されたときはという記事もご覧下さい。